Fue fundado el 14 de abril de 1962,​ por los trabajadores del Ingenio Azucarero Guabirá, de la sección Maestranza, su primer nombre fue Unión Maestranza (fundado 1953), que participó en el campeonato fabril a nivel departamental ese año saliendo campeón departamental y nacional a nivel de campeonatos fabriles, conformado íntegramente por jugadores trabajadores del ingenio, ese mismo año realiza una gira por el interior del país llegando a enfrentar a los grandes equipos profesionales de Bolivia como Bolívar al que vence por 1 – 0, The Strongest, Deportivo Municipal , Always Ready y otros, allí surge la idea de conformar un club que represente al ingenio azucarero y a la provincia de Santistevan y su capital Montero, se cambia el nombre a «Club Deportivo Socio Cultural Guabirá» siendo su primer presidente Sixto Hurtado en conjunto al Sr. Manuel Núñez.

Inicia su participación en campeonatos departamentales en 1963, año en que disputó la Segunda de Ascenso (en ese entonces tercera categoría de Santa Cruz) y, después de adjudicarse el título, ascendió a Primera de Ascenso.

En 1964 nuevamente es campeón y consigue el ascenso a la Primera A, participando desde 1965 en dicha categoría. Ese mismo año el fútbol en Santa Cruz pasó a ser profesional y luego de que los equipos Alas y Ferro-Oriente se retiraran, Guabirá se convirtió en uno de los fundadores de la etapa profesional del fútbol cruceño. En 1974, logra entrar en el podio, sin embargo, quedó segundo después de La Bélgica.